Laboratorij Zavoda za geologiju je temelj istraživačkog i stručnog rada Hrvatskoga geološkog instituta te je osnova istraživačkom radu, izradi doktorskih disertacija, objavljivanju znanstvenih članaka i uspješnoj provedbi kompetitivnih znanstvenih projekata. U sklopu laboratorija obavljaju se pripreme za mineraloško-petrografske, paleontološke, te geokemijske analize. Unutar paleontološkog dijela laboratorija rade se i pripreme uzoraka za palinološke analize. Laboratorij Zavoda za geologiju je trenutno jedini laboratorij u regiji koji radi ove analize, a njegovim se uslugama koristi i Eötvös Loránd University (ELTE) iz Mađarske. Osim znanstvenika Hrvatskoga geološkog instituta, usluge laboratorija koriste i djelatnici dvaju geoloških fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, Rudarsko-geološko-naftnog fakulteta i Prirodoslovno-matematičkog, razni gospodarski subjekti iz područja geologije, rudarstva, mineralnih sirovina, građevinarstva, arheologije i agronomije. Također, studenti obaju geoloških fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, u njemu obavljaju stručnu praksu, izrađuju završne i diplomske radove te doktorske disertacije. Nažalost, unatoč kontinuiranim manjim ulaganjima u opremu proteklih godina, u laboratoriju nije bilo većih infrastrukturnih ulaganja više od 40 godina. Zbog toga je nužna temeljita obnova prostorija i osuvremenjivanje laboratorijske opreme čime će se poboljšati sigurnost i uvjeti rada tehničkog osoblja i istraživača, povećati učinkovitost i kapacitet te unaprijediti znanstvena istraživanja. Cilj projekta je nakon provedene infrastrukturne obnove započete 2024. godine, opremiti laboratorij.